Племенная работа является комплексом процедур, направленных на улучшение продуктивных (размеры, репродуктивная способность, окраска и качество волосяного покрова) и племенных качеств нутрий - способность зверя передавать свои признаки потомству. Главные элементы племенной работы: бонитировка (оценка сельскохозяйственных животных), отбор наилучших зверей на племя, подбор их для спаривания, вскармливание племенного и забойного молодняка, его мечение, ведение зоотехнического учета.

Формирование любого продуктивного либо племенного признака у нутрии зависит от наследственных задатков (генов) и факторов наружной среды. Звероводы-любители разводят как стандартных нутрий (дикий тип), так и цветных - более 10-ти мутационных и 7-ми комбинированных форм. Окрас волосяного покрова - качественный признак, определенный одним, двумя либо несколькими генами. Общий окрас волосяного покрова стандартных нутрий серовато-коричневый со всевозможными оттенками. Спина окрашена более интенсивно, чем бока и брюшко. Глаза у стандартных нутрий коричневые.

Изредка гены дикого типа нутрий меняются (мутируют), и у потомства появляется новый окрас волосяного покрова, который переходит по наследству. Случаются доминантные и рецессивные аллельные состояния генов. При спаривании стандартных животных с нутриями, обладающими какими-либо преобладающими (доминантными) окрасками, последняя как бы доминирует (превалирует) над коричневым типом зверей, и часть либо все потомство станет цветным. При спаривании же цветных нутрий, которые обладают рецессивным геном (явление которое не проявляет себя), со стандартными в первом поколении все потомство станет иметь окраску дикого типа либо близкую к ней (серебристую).

Доминантные мутации окраски нутрий: золотистая, чисто-черная, белая азербайджанская; рецессивные - бежевая, белая итальянская, альбиносы, дымчатая, соломенная и др.

При спаривании бежевых нутрий с белыми итальянскими все щенки появятся на свет перламутровыми, более светлыми, чем бежевые. Помимо того, разработаны комбинационные типы нутрий: снежные, лимонные, пастелевые, бурые и др.

Бонитировка (индивидуальная оценка хозяйственно значимых признаков нутрий) производится в соответствии со специальной «Инструкцией по бонитировке пушных зверей».

Бонитируют нутрий, как правило, в октябре - декабре в возрастной группе 6 месяцев и старше, а молодняк, продаваемый на племя,- в возрастной группе 2-7 месяцев.

При отборе на племя отдается выбор крупным зверям, происходящим от больших родителей. При оценке свойства волосяного покрова в наибольшей степени ценятся нутрии с густым, уравненным по высоте волосом, с меньшей разницей в опушении спины и брюшка и отличной оброслостью пахов.

Молодняк на племя отбирают от родителей с отличной репродуктивной способностью: с плодовитостью более 5 (численность рожденных живых и мертвых щенков), выращивающих до отсадки 5 голов и более молодняка и оплодотворяющихся в срок не продолжительнее 2 месяцев. О репродуктивной способности самца судят по количеству оплодотворенных им самок. Зрелых нутрий, представивших низкую воспроизводительную способность либо которые имели в помете щенков с пороками, отбраковывают.

В нутриеводстве практикуется чистопородное разведение, когда желают получить молодняк, похожий на родителей по окраске; при этом чистопородную самку случают с чистопородным самцом. К примеру, при разведении подобным способом стандартных и гомозиготных чисто-черных нутрий все потомство по основному  окрасу сходно с родителями. Однако при разведении «в себе» золотистых, белых азербайджанских и снежных нутрий ввиду их гетерозиготности по доминантным генам окраски наравне со щенками, схожими с родителями, родятся щенки иной ораски. Помимо того, при таком разведении понижается на 25 % плодовитость ввиду смерти части эмбрионов (гомозигот) в утробе нутрии-матери. Потому советуется указанные типы нутрий разводить способом скрещивания с иными типами.

При подборе пар для спаривания наилучших самок нутрий фиксируют за лучшими неродственными самцами. Качественные признаки самца должны быть выше, чем у прикрепленных к нему самок.

Племенная работа невозможна без племенного учета и мечения зверей. В личных подсобных хозяйствах метят нутрий путем вырезов с помощью ножниц на перепонках задних лап по определенному ключу.

К примеру, вырез на левой лапе и левой перепонке обозначает цифру 1, на средней - 2 и на правой - 3. На правой лапе вырез на левой перепонке обозначает цифру 6, на средней - 10 и на правой - 20. С применением подобного ключа можно пометить примерно 40 зверей. Год появления на свет можно отмечать вырезом на ухе. Употребляют и иные ключи.

Для племенного учета надо иметь на клетках племенных нутрий и молодняка трафаретки, а также вести журнал репродукции и бонитировки нутрий, куда записывать главные данные о зверях, итоги случки, щенения и показатели бонитировки.